È uno dei principali musei italiani dedicati alle culture a livello etnologico e archeologico dell’Africa, dell’Oceania e dell’America precolombiana. Vi sono raccolte opere donate o depositate da viaggiatori e collezionisti, a iniziare dal suo fondatore Delfino Dinz Rialto, nonché da frati missionari, cui si deve anche un piccolo nucleo di oggetti dall’Asia. Inaugurato nel 1972 come “Museo delle Arti Primitive”, dal 2005 ha sede a Villa Alvarado dove più di 600 opere, delle oltre 7000 della collezione, sono state ordinate in un percorso improntato sui cambiamenti “dello sguardo con cui gli Occidentali hanno osservato gli altri popoli.” (Marc Augé, Direttore del progetto scientifico). Alle culture dell’America precolombiana si deve un’ampia documentazione di reperti in ceramica, opera di artisti-artigiani abili nella realizzazione di manufatti, generalmente di carattere rituale.
Da una vasta regione del Messico occidentale che, fra 300 a.C. e  400 d.C., si caratterizza per lo sviluppo di culture originali rispetto alla tradizione mesoamericana, provengono sculture in terracotta di personaggi, animali e scene di vita quotidiana dai complessi significati simbolico-religiosi.
Anche l’area peruviana restituisce materiali di grande interesse: manufatti Nasca con immagini di esseri mitici; vasi della cultura Moche con beccuccio e ansa a staffa; forme globulari dette “huaco rey” della cultura Lambayeque; ceramica a stampo in biancocrema decorata in nero, in varie forme, anche di animali e di figure antropomorfe (cuchimilco) della cultura Chancay; aryballoi con geometrie, animali e felci, tipici degli Inca.